À ce stade, le propriétaire bailleur a le choix entre la mise en place d'un loyer avec ou sans versement par le preneur d'un pas-de-porte lors de l'entrée dans les lieux, les deux notions étant liées et la qualification du pas-de-porte devra être précisée d'un point de vue fiscal. Le loyer peut être forfaitaire, variable (clause recette), à palier.

Lorsque le bail arrive à échéance, le preneur dispose d'un droit au renouvellement de son bail. Il est important de connaître quelles sont les conditions et possibilités offertes au bailleur pour lui permettre de revaloriser le loyer. (Plafonnement ou déplafonnement du loyer).

Le bailleur a la possibilité ne pas renouveler le bail, il devra alors soit justifier d'un motif légitime de non-renouvellement, soit payer une indemnité d'éviction. Par ailleurs, le bailleur qui a refusé dans un premier temps le renouvellement, bénéficie d'un droit de repentir lui permettant de l'accepter par la suite et d'échapper ainsi au paiement d'une indemnité d'éviction. Cette dernière est composée d'une indemnité principale qui correspondra à la valeur du fonds si le locataire perd sa clientèle du fait du non-renouvellement, ou une indemnité de transfert s'il dispose de la possibilité de se réinstaller à proximité aux mêmes conditions, ainsi que des indemnités accessoires (frais de remploi, trouble commercial, perte sur stocks…)

L'estimation d'un fonds de commerce est généralement réalisée par le rapprochement de plusieurs méthodes, lesquelles s'appuient sur les éléments chiffrés de l'exploitation et l'examen de son environnement. Ainsi la valorisation du fonds peut-être opérée au travers du chiffre d'affaires, de l'excédent brut d'exploitation ou par actualisation des flux (Discounted Cash Flow). Le fondement économique de la valeur du droit au bail peut être recherché dans une logique de marché (par comparaison) ou dans une logique indemnitaire (sa valeur est alors liée à l'économie de coûts locatifs).

La valeur des murs commerciaux dépend étroitement des conditions locatives qui devront au préalable de l'estimation faire l'objet d'une analyse attentive. L'étude s'attachera à la situation commerciale des biens et notamment de la pérennité ou non de la qualité de l'emplacement. Enfin seront prises en compte les caractéristiques intrinsèques des locaux (surface, agencement, état d'entretien, équipements…).

Sont pris en compte dans l'évaluation la situation des biens, leur consistance, les équipements et services attachés aux locaux, leur état, et leur capacité d'adaptation à diverses activités et besoins des utilisateurs. Pour ce type de biens sont utilisés diverses méthodes telles que par comparaison métrique, par capitalisation du revenu constaté ou potentiel, par sol et construction ou encore par actualisation des Cash Flow.